분자 유사도 측정 장치 및 방법이 개시된다. 본 발명은, 분자 구조의 2진화 표기(fingerprint)를 기반으로 하는 분자 사이의 유사도, 독성의 강도를 기반으로 하는 분자 사이의 유사도, 3차원 좌표를 기반으로 하는 분자 사이의 유사도 등을 이용하여, 사용자에 의해 입력된 목표 분자와 유사도가 높은 복수개의 후보 분자를 제공한다. 본 발명에 따르면, 보다 정확하고 신뢰성이 높은 후보 분자들에 대한 정보를 제공할 수 있다.