세포 치료법 및 재생 의학에서 사용하기 위한 세포와 같은 생물학적 샘플의 자동화된 세포 처리를 위한 시스템 및 방법이 제공된다. 생물학적 샘플로부터 유래된 배치의 자동화된 처리를 위한 시스템은 폐쇄되고 멸균된 인클로저와; 다수의 시약 용기와; 적어도 하나의 시약 디스펜서와; 배치의 적어도 하나의 특성을 분석하기 위한 품질 관리 모듈과; 수확 모듈과; 로봇 모듈; 및 배치의 자동 처리를 제어하기 위해 적어도 하나의 시약 디스펜서, 품질 관리 모듈, 수확 모듈 및 로봇 모듈에 통신 가능하게 결합된 제어 장치(CU)를 포함한다. 자동화 처리는 인간 조작자에 의한 조작 없이 실행될 수 있다. 시스템은 배치 간의 교차 오염 없이, 예를 들어, GMP 조건 하에 다수의 배치를 자동으로 처리하도록 구성된다.