본 발명의 사과 산도 형질과 연관된 단일염기다형성 마커 및 이의 용도에 관한 것이다. 본 발명에 따른 사과 산도 형질과 연관된 단일염기다형성 마커는 유전적 유사도가 높아 표현형에 큰 차이를 보이지 않는 산도 형질 및 산도에 따른 품종을 정확하게 판별할 수 있다. 이는 본 발명의 마커를 이용하면, 사과의 과실 없이 유엽만으로도 사과의 산도를 판별할 수 있음을 의미하는바, 본 발명의 산도 형질과 연관된 단일염기다형성 마커는 사과 육종 분야에서 다양하게 활용될 수 있다.