본 발명은 단일 클로날 줄기세포를 투여하여 아토피 피부염을 예방 또는 치료하기 위한 방법 및 조성물에 관한 것이다. 또한 본 발명은 상기 방법 및 조성물을 적용하기 위하여 단일 클로날 줄기세포 투여에 적합한 아토피 피부염 환자를 선별하고, 이들의 예후를 예측하기 위한 조성물 및 방법에 관한 것이다. 본 발명의 개선된 줄기세포의 층분리 배양 및 증식 방법에 따르면, 단일 클로날 중간엽 줄기세포의 빠른 증식을 통해 단시간에 원하는 단일 클로날 중간엽 줄기세포의 대량 수득이 가능하다. 또한 이를 통해 수득되는 단일 클로날 중간엽 줄기세포를 아토피 피부염을 갖는 환자에 정해진 투여 주기, 용법, 용량으로 투여하여 환자의 아토피 증상을 효과적으로 개선할 수 있을 뿐만 아니라, 특히 본 치료에 적합한 환자군을 마커에 따라 확인하고 선별 투여함으로써 우수한 아토피 피부염 치료 효과를 달성할 수 있다.