본 발명은 낭충봉아부패병에 저항성을 갖는 토종벌 판별용 조성물에 관한 것이다. 본 발명의 낭충봉아부패병에 대해 저항성을 갖는 토종벌의 판별 방법을 이용하면, 낭충봉아부패병 저항성을 가진 토종벌을 선별하여 양봉함으로써 낭충봉아부패병에 의한 꿀벌의 폐사를 방지하고 양봉 농가의 피해를 줄일 수 있다.