본 발명은 펜 홀더에 관한 것으로, 내부에 빈 공간이 형성되고 상부에는 개구된 삽입구가 구비된 하우징; 펜이 삽입되는 주머니 형태로 형성되어 입구가 상기 삽입구의 테두리에 결합되고, 상기 하우징의 내부에 수용되는 홀더 포켓; 및 상기 하우징의 내측면 및 상기 홀더 포켓의 외측면에 의해 둘러싸여진 공간에 수용되는 충진재를 포함하는 것을 특징으로 하는 펜 홀더를 제공한다. 이러한 본 발명은 캡이 분리된 펜을 보관할 수 있어 펜 사용 중 빈번하게 캡을 열고 닫아야 하는 불편함을 해소할 수 있고, 캡이 분실된 펜의 촉이 건조해지지 않도록 보관하는 것이 가능하여 펜의 캡이 분실되더라도 펜을 장기간 사용할 수 있으며, 다양한 크기의 펜을 꽂아서 보관하는 것이 가능하여 활용성이 높다는 장점이 있다.