본 발명은 단백질 가수분해효소 등을 이용하여 미색류 껍질에 함유된 단백질 등을 제거함으로써 고순도 글리코사미노글리칸을 얻는 방법에 관한 것으로, 본 발명에 따르면, 이온교환수지를 이용하여 저분자의 단백질 및 색소화합물을 제거함으로써 종래보다 경제적인 방법으로 고수율, 고순도의 글리코사미노글리칸을 제조할 수 있다. 미색류, 글리코사미노글리칸, 분리, 정제